E – kontrola skarbowa nieco różni się od zwykłej kontroli skarbowej. Ma ona nieco inny przebieg i oczywiście trochę inne zadania. US Wrocław podkreśla, że e – kontrola polega przede wszystkim na wykorzystaniu specjalistycznego i specjalnie stworzonego przez programistów oprogramowania analitycznego w trakcie trwania kontroli różnorodnych podmiotów, które to prowadzą elektroniczną rachunkowość. Jak zauważył US Włocławek dzisiaj już praktycznie każda firma i przedsiębiorstwo prowadzi w ten sposób księgi rachunkowe. Urząd Skarbowy Gorzów Wielkopolski zaznacza także, że e – kontrola ma służyć zarówno do wykrywania jak i również identyfikacji wszystkich podmiotów prowadzących na terenie naszego kraju działalność handlową, w której to wykorzystywany jest przede wszystkim Internet bez dokonania zgłoszenia tak zwanego obowiązku podatkowego lub też przedsiębiorstw, które w ogóle nie zgłaszają do opodatkowania przychodów pochodzących chociażby z części tego rodzaju działalności. Ponadto e – kontrola ma bardzo duży wpływ na rozwój metod analitycznych wykorzystywanych w typowaniu podmiotów przeznaczonych do kontroli skarbowej i podatkowej